受持药师法门仪轨,可分为二:一是自己实践,二是亲友代办。前者是闻名信受,自求多福;后则因病垂危,他人代为消灾解难。闻名信受者,除忆念药师佛号外,还需造立药师佛像,设立法坛,于法坛正中高处,敷设清净法座,安放佛像,并散种种华,烧种种香,以种种幢幡、伎乐庄严其处,令坛场清净庄严。
　　然后,于七日七夜,受持八分斋戒,不食五辛酒肉,不非时食,澡浴香洁,着清净衣,使身业清净;「应生无垢浊心,无怒害心,于一切有情,起利益安乐,慈悲喜舍,平等之心」,使慧业清净;「复应念彼如来本愿功德,读诵此经,思惟其义,演说开示」,使口业清净。如是三业清净,鼓乐歌赞,右绕佛像,诵经说法,利乐有情;必然获福免难。
　　至于为种种病患所困众生,自己力不胜任修持药师法门,或因病重昏迷死去,皆需亲人或善知识,为其修持药师法门,其仪轨如下:
　　一、先于七日七夜,受持八分斋戒,三业清净。
　　二、造立药师如来圣像七尊。
　　三、燃七层长明灯,每层七盏,如是七七共四十九盏。每一圣像之前各置七灯,灯量大如车轮,直至四十九日,光明不绝。
　　四、悬挂五色续命神幡,长四十九揭手。(印度古时多用手度物,张中指与大指长,名一揭手,成人一揭手约六或七寸,四十九揭手约三四十尺长)
　　五、为彼病人皈依药师如来。
　　六、昼夜六时礼拜供养彼世尊药师琉璃光如来。
　　七、请诸众僧,读诵《药师如来本愿功德经》四十九遍。
　　八、放杂类众生至四十九。杂类众生,包括水、陆、空等动物,四十九类,或四十九只,或四十九类中,每类四十九只皆可。果能如是修持药师法门,则为恶鬼所持病危的众生,必可度过厄难,恢复健康,不复为诸恶鬼神所持。若已昏死,见琰魔使者,引其神识,至琰魔法王前,考问罪福之人,承斯受持药师法门功德,或经七日,或七七四十九日,神识得还,如从梦中醒来;回忆刚才所见,证知善恶报应,如影随形,丝毫不爽,因而深信因果,痛改前非,努力行善,自可获福免难。 　　若有众生,依前所说药师法门仪轨修持,一则获福,次则免难。获福是:「随所乐求,一切皆遂,求长寿得长寿,求富饶得富饶,求官位得官位,求男女得男女。」人之欲望虽各自不同,然「长命富贵,儿孙满堂」,皆世人之所共同追求。
　　世人之所以终日营营役役,忙忙碌碌,无非求财。古云:「天下熙熙,皆为利来;天下攘攘,皆为利往。」甚至利之所在,趋之若骛。人有了利,还需有名,否则,富而不贵,或贵而不寿,或寿而无嗣,皆属人生憾事。故世人除热衷名利,追求长命富贵外,还要生儿育女,承欢膝下,不然,一生积蓄,谁来继承?
　　殊不知:「富贵荣华像春梦,百岁光阴一剎那。」寿命虽长,终非永恒,一旦无常到来,「万般带不去,惟有业随身」。一失人身,万劫不复,何等苦恼?药师如来为悯此辈众生,先施以人间福禄,随所乐求,一切皆遂,然后施以出世间功德法财,令生智能之男,育慈悲之女,证法身无量寿命,贵为法王,登法王位,行法王权,名遍十方,利乐有情,故曰:「所求愿满,乃至菩提。」 　　受持药师法门,不但可获世间长命富贵,儿孙满堂之福禄,甚至证得无上菩提,同时还可避免以下种种苦难: 　　异乎平常曰怪,怪事众多曰百怪。
　　《药师经》云:「若复有人,忽得恶梦,见诸恶相,或怪鸟来集;或于住处,百怪出现。此人若以众妙资具,恭敬供养世尊药师琉璃光如来,恶梦恶相,诸不吉祥,皆悉隐没,不能为患。」恶梦,亦怪事之一,人皆有梦,但人皆不知因何有梦?
　　佛言梦境,皆由众生颠倒妄想分别心生。所谓颠倒妄想,即人之意识。意识有二:一是俱生意识,二是独头意识。
　　前者是与眼等五识同时起分别作用之意识;例如眼对色分别好丑,是眼识之作用,若同时因分别好丑而产生爱恶之念,便是俱生意识。后者是根不缘尘,前五识不起时,或人熟睡,前五识皆停止工作时,此意识单独行动,或缘前五识分别境时遗留之前尘影事,或缘未经前五识分别之一切法尘,谓之独头意识。二乘圣人,虽断意识,然慧根尤存,法执未亡,时或有梦。帷独佛果菩提,已转识成智,故得无梦。致梦之由,大概有五:
　　一、由外境引发,众生因内有识心分别,故能接受外境牵引,导致梦境。例如已故亲朋,因思念其人,当其熟睡之际,便来与其神识相会。或信佛虔诚,感佛菩萨现身说法,或指示正途,或来加被,皆是好梦,当然灵验。若人生平作恶多端,被诸鬼神所缠,而恶梦连连,或被怨敌咒诅,邪术相逼,发生种种恐怖之梦,亦多灵验。
　　二、因曾经历,日常生活所发生一切如意及不如意事,或因新闻媒介,得知外界发生种种幸与不幸事,印烙于心,夜则梦见,多不灵验。
　　三、预感先兆,有人特别灵感,将发生吉祥或不吉祥之事,先于梦中得见,成为事发之先兆。如果有人获得不祥先兆,若能供养恭敬三宝,自求多福,或可阻止不幸发生。故此类先兆之梦或灵或不灵验。
　　四、意识分别,因人之意识,常怀某种希望,思虑在心,便于梦见。所谓:「日有所思,夜有所梦。」此皆人意识想象所致,想善则梦善,想恶则梦恶,虚妄无凭,如何灵验?
　　五因病梦呓,人病垂危,神志不清,便会发梦,或说呓语,皆非事实。《大智度论》云:「梦有五种,若身中不调,若热气多则梦见火,见黄见赤;若冷气多则见水见白;若风气多,则多见飞见黑。又复所梦见事,多思惟念故则梦见。或天与梦,欲令知未来事故,是五种梦,皆无事实而妄见。」
　　今云「忽得恶梦,见诸恶相」,该是诸恶鬼神为患,或被怨敌咒诅所致。怪鸟谓猫头鹰、乌鸦之类,突然飞来屋檐聚集;或于自宅之内,发生种种怪异之事,如灯光自息,器皿自破,怪声频频,或黑影幢幢。此等怪事,皆是个人或家庭将发生不幸之先兆。
　　若能依前所说供养之法,恭敬供养世尊药师琉璃光如来,及至心称念圣号,则恶梦恶相,诸不吉祥事,皆悉隐没不能为患。 　　《药师经》云:「或有水火,刀毒悬险,恶象狮子,虎狼熊罢,毒蛇恶歇,娱蚣蚰蜒,蚊虻等怖,若能至心忆念彼佛,恭敬供养,一切怖畏,皆得解脱。」水火之灾,来自自然界,刀毒所加,或悬崖涉险,皆是人为。至于恶象狮子等,皆属毒物,凡此种种,对人之生命财产,威胁甚大,遇之无不畏惧恐怖。若能依前所说供养之法,恭敬供养,忆念受持彼世尊药师琉璃光如来,一切怖畏皆得解脱。
　　人之所以被水所溺,为火所焚,皆由宿业所感,或为恶兽所啖,毒虫所害,皆因心中充满贪嗔痴毒,致招外毒来侵,今受持药师法门,承佛本愿功德,自可清除宿业,增长慈悲,内毒既息,则外毒岂能为患?故得解脱一切怖畏之难。 　　《药师经)云:「若他译侵扰;盗贼反乱,忆念恭敬彼如来者,亦皆解脱。」他国侵扰是外侵,盗贼反乱是内乱,二皆可带来人生疾苦,所谓:祸国殃民。吾人生逢乱世,处身于外忧内患中,生命财产,时刻受到威胁,岂能安枕无忧?
　　此时,若能依前所说供养之法,修持药师法门;专心忆念彼世尊药师琉璃光如来圣号,承此念佛功德,及药师如来本愿神力,自可消除人之共业,停止外侵内乱,消灾免难。 　　正信佛子,自当尽形寿皈依三宝,不再皈依天魔外道,而且受持佛戒,不得毁犯。佛之制戒,在家弟子有五戒、十戒、八关斋戒;出家弟子,有比丘二百五十戒,比丘尼三百五十戒,菩萨十重四十八轻戒。
　　《药师经》云:「若有净信善男子善女人等,乃至尽形寿不事余天,惟当一心归佛法僧,受持禁戒,若五戒、十戒、菩萨四百戒,比丘二百五十戒,比丘尼五百戒,于中所受或有毁犯,怖堕恶趣,若能专念彼佛名号,恭敬供养者,必定不受三恶趣生。」(此经云菩萨四百戒,比丘尼五百戒,当另有译本)七众弟子中,或因犯佛禁戒,心生恐怖,畏堕恶道,若能专心称念彼药师如来圣名,依前所说供养之法,受持药师法门,必定不受三恶趣报。犯戒而生恐怖之人,必知忏悔痛改前非,加以药师如来本愿功德神力,罪业自当消除,还得清净,故必定不受三恶涂报。 　　《药师经》云:「或有女人,临当产时,受于极苦,若能至心称名礼赞,恭敬供养彼如来者,众苦皆除。所生之子,身分具足,形色端正,见者欢喜,利根聪明,安隐少病,无有非人,夺其精气。」女人产子,虽然痛苦难免,但属生理现象,尤其今日,医药昌明,产科技术日进千里,妇人产子,已非灾难。不过,若遇难产,则母子性命,危在旦夕,当群医束手无策,不能抢救时,若产妇本人能至心称念药师如来圣号,或其亲属代为受持药师法门,则不但众苦皆除,转危为安,顺利生产,且所生之子,六根具足,相好端庄,利根聪明,人见人爱,自小至大,皆安隐无事,少病少恼,更无非人之鬼神,敢来夺其精气。或谓,妇人生子,最为污秽,此时念佛,岂非猥渎神灵?
　　当知,诸佛菩萨,并非一般内心仍有喜怒哀乐之情的神灵,而是超越六道一切是非好丑、善恶净秽、诸对待法、诸有为法的出世圣人。净与秽之区别,爱与恶之情绪,皆众生境界,与佛无关。何况诸佛菩萨爱护众生犹如赤子,众生有难,但有所求,无不施救。譬如慈母见子堕于粪池,必然舍命图救,岂会因其臭秽而袖手旁观,听其溺毙?
　　是以众生苦难之时,不管水里火里,无论是净是秽,但能专心忆念药师佛名,必然得救,无需置疑。更不应凭一己之固执,妄生分别净秽,而自误误人。