《大智度论》说：「佛如医王，法如良药，僧如瞻病人，戒如服药禁忌。」所以药师法门的内涵，虽然敬奉药师琉璃光如来等七佛，但凡是佛法就是我们所要修学及弘扬的。

因此修学药师法门，不分十诵、有部、四分律；不分璎珞、瑜伽、梵网戒；不分唯识、中观、如来藏；不分禅宗、密宗、净土宗；不分极乐、兜率、净琉璃。

虽然如此，但弘一大师说：「《药师经》，决非专说世间法的。因药师法门，惟是一乘速得成佛的法门。所以经中屡云：『速证无上正等菩提，速得圆满』等。若欲成佛，其主要的原因，即是「悲智」两种愿心。《药师经》云：『应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情起利益安乐慈悲喜舍平等之心。』就是这个意思。前两句从反面转说，『无垢浊心』就是智心，『无怒害心』就是悲心。下一句正说：『舍』及『平等之心』就是智心，余属悲心。

悲智为因，菩提为果，乃是佛法之通途。凡修持药师法门者，对于以上几句经文，尤宜特别注意，尽力奉行。假使不如此，仅仅注意在资养现实人生的事，则惟获人天福报，与夫出世间之佛法了无关系。若是受戒，也不能得上品圆满的戒。若是生西，也不能往生上品。

所以我们修此药师法门的，应该把以上几句经文特别注意，依此发起『悲智』的弘愿。假使如此，则能以出世的精神来做世间的事业，也能得上品圆满的戒，也能往生上品，将来速得成佛可无容疑了。」

所以药师法门是以「悲智为因，菩提为果」的法门，这也是佛法的通途。因此药师法门是非常甚深广大，可以速得成佛的法门。

药师法门初启于药师七佛本地所发无尽大愿，中则释迦如来于广严城演说法门，后继历代译师、大德传译、弘扬经典，由是法门广被众生、绕益有情。

《药师琉璃光七佛本愿功德经》云：「尔时七佛。告诸菩萨释梵四天王曰。我今以此神咒付属汝等。并此经卷于未来世后五百岁法欲灭时。汝等皆应护持是经。此经威力利益甚多。能除众罪善愿皆遂。勿于薄福众生诽谤正法毁贤圣者。授与斯经令法速灭。」

值此五浊恶世，末法时期，药师七佛的慈悲大愿，就更显得珍贵难得。玉琳国师说：「予见世人，顺境沦溺者不一；富贵可畏，甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿；遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄。不乘如来愿航，何从济乎。」所以国师又说：「人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。